Clique em "Incluir" e selecione a agência, se não estiver aparecendo nenhuma, volte no menu Tabelas -> Banco, e no cadastro do banco que será usado para boleto clique em alterar e marque o campo descrito "Usar em emissão de boleto".
Nome do arquivo, é como será gerado o nome do arquivo, alguns bancos mesmo colocando o nome do arquivo é gerado com outro, pois já é configurado para aquele banco e não pode ser outro.
Nº Seq. Arquivo, sempre que é gerado um arquivo de cadastro dos boletos junto ao banco esse contador soma 1, o banco só aceita o arquivo se estiver na ordem correta, se algum arquivo for rejeitado devido à ordem, a numeração da sequência, do SFC, deve ser alterada para se adequar ao que está registrado no banco.